ウィンドウ設定

まずウィンドゥ設定のためのアイテムを作ります。名前は任意で種類はスイッチで。
このイベントはコモンイベントで行います。
では下に手順を記します。

コモンイベント:開始条件→自動的に始まる・出現条件→スイッチ○○
(先ほど設定したウィンドゥ設定アイテムのスイッチ番号)がON

◆文章:どのウィンドゥを使用しますか?
◆選択肢の表示(キャンセルの場合は独立して分岐):ウィンドゥ1・ウィンドゥ2・ウィンドゥ3・次へ
:[ウィンドゥ1の場合]
 ◆システムグラフィックの変更:システム1
 ◆スイッチの操作:[○○○○:ウィンドゥ設定]をOFFにする。
 ◆
:[ウィンドゥ2の場合]
 ◆システムグラフィックの変更:システム2
 ◆スイッチの操作:[○○○○:ウィンドゥ設定]をOFFにする。
 ◆
:[ウィンドゥ3の場合]
 ◆システムグラフィックの変更:システム3
 ◆スイッチの操作:[○○○○:ウィンドゥ設定]をOFFにする。
 ◆
:[次へ]の場合
 ◆選択肢の表示:ウィンドゥ4・・・・・・・

これの繰り返しです。2つだろうが50個だろうが無制限にウィンドゥの色の選択ができます。
選択肢の一番最後となる部分にはラベルを設定して最初に戻るという欄を作成した方が良いかもしれません。
因みにシステムグラフィックの変更の次のスイッチOFFは忘れると
永遠にイベントが続いてしまうので御注意を。
使用するアイテムは回数無制限で。
応用すれば戦闘やフィールドなどのBGMの変更や効果音変更もできるかもしれません。